Surge dentro del Dpto. de Zoología Vertebrados de la Facultad de Humanidades y Ciencias y del Museo de Historia Natural de Montevideo, la iniciativa de convocar a todos aquellos que tuvieran interés para construir la Sociedad, invitándose con ese objeto a una reunión celebrada en la Facultad de Humanidades y Ciencias, el 24 de julio de 1961.

En la misma, con la asistencia de 60 personas, se decidió la fundación, designándose una comisión a los fines de redactar un proyecto de estatuto, el cual fue aprobado con modificaciones, por la Asamblea celebrada el 7 de agosto de 1961.

El 27 de noviembre del mismo año, se eligieron las primeras autoridades regulares de la Sociedad, correspondiendo la Presidencia al Prof. Raúl Vaz-Ferreira, Vicepresidente Dr. Fernando Mañé Garzón, Secretaria Lic. Blanca Sierra, Tesorero Lic. Pablo San Martín, Vocales Prof. Eduin Palerm, Lic. Miguel A. Klappenbach, Sr. Juan Cuello y Lic. Braulio Orejas-Miranda.

A partir de ese entonces, y hasta 1971 se realizaron 57 reuniones de comunicaciones científicas, con la lectura de 158 trabajos. Antes de 1983 ya se habían realizado 84 reuniones con más de 250 trabajos.

En 1974 se interrumpen las actividades. En esa época el país enfrentaba diversas dificultades sociales y políticas, con el comienzo del régimen de facto que se extendió hasta el inicio de la década de los  ochenta.

El 25 de junio de 1981 se constituye la Sociedad Zoológica del Uruguay (Segunda Época), que obtiene personería jurídica como Asociación Civil el 13 de octubre de ese mismo año. Entonces, se realizaron diversas reuniones, presentaciones de trabajos, así como proyecciones de películas y diapositivas.

Desde sus inicios, y cumpliendo con una de las finalidades de la Sociedad Zoológica, se realiza una publicación científica, el Boletín de la Sociedad Zoológica del Uruguay. La misma se divide en primera y segunda época, acorde a la mencionada suspensión de activdades de 1974, siendo publicado el primer volumen de la segunda época en 1983. El boletín continúa hasta la fecha siendo la única revista especializada local en los temas que aborda la Sociedad.

En noviembre de 1982, se realizó la Reunión Uruguaya sobre Conservación de Fauna y Flora, así como en diciembre de ese mismo año, una primera salida de campo. Al mismo tiempo, en este entonces, la Sociedad recibió importante apoyo del Museo Nacional de Historia Natural, al poner a disposición el local para las reuniones, aparatos de proyección, personal a sus órdenes así como la casilla de correos de la institución.

En la segunda época, se publican los fines y actividades de la Sociedad, en donde se detalla:

FINES – Entre los fines principales de la Sociedad se cuentan: promover la investigación en todas las áreas de la zoología; organizar reuniones de carácter científico; editar publicaciones zoológicas de investigación y difusión; velar por la conservación de la fauna autóctona y su hábitat; colaborar con otras instituciones nacionales y extranjeras vinculadas con los fines antes explicitados.

ACTIVIDADES – La Sociedad organiza mensualmente una Reunión de Comunicaciones donde se presentan y discuten trabajos científicos, y una charla sobre algún tema de interés. Se publicará regularmente un BOLETIN con los trabajos aceptados en las Reuniones de Comunicaciones.

El estatuto prevé la posibilidad de organizar cursos, excursiones de estudio, reuniones especiales, etc., dependiendo ello de las iniciativas que los Socios hagan llegar a la Comisión Directiva.

Durante mas de 40 años de actividades, la Sociedad Zoológica del Uruguay ha incidido de forma directa e indirecta en diversos aspectos relacionadas de alguna manera con la Zoología.

La realización y el manejo financiero de uno de los primeros esfuerzos directos sobre lo que se comienza a esbozar actualmente en el Sistema Nacional de Áreas Protegidas de Uruguay (SNAP), fue desarrollado por la Sociedad, cuando en 1995 implementó el relevamiento del Valle del Lunarejo, zona que integra hoy los planes para el desarrollo de una de las áreas protegidas (proyecto realizado junto a la Dirección Nacional de Medio Ambiente, DINAMA, del Ministerio de Vivienda, Ordenamiento Territorial y Medio Ambiente). Al mismo tiempo, la Sociedad se vio vinculada durante varios años a la mayor organización mundial en materia de conservación, la UICN, Unión Mundial para la Naturaleza, dejando entrever nuevamente el compromiso con la conservación, manifestado su liderazgo y originalidad en el tratamiento de esta temática, ya mencionada en 1982.

A lo lago de su trayectoria la Sociedad Zoológica del Uruguay ha auspiciado, apoyado y desarrollado diversos eventos, creado y mantenido una publicación científica regular y al mismo tiempo articulado con diversos actores, transmitiendo valores diversos, los cuales en muchos casos ha desarrollado de forma directa a través de cursos de capacitación.

La Sociedad actualmente, y bajo un convenio firmado en 1999, adopta como sede las instalaciones de la Facultad de Ciencias, Universidad de la República, ubicada en Iguá 4225, CP 11400, Montevideo – Uruguay.