La unidad de conservación está surcada por varios cursos de agua, siendo el principal, el arroyo Lunarejo. Entre los afluentes de éste, cabe mencionar el arroyo Rubio Chico y las cañadas de los Molles, de Eduardo, de los Difuntos, de las Yeguas, Quebrada Grande, del Cerro Bonito, del Paso de la Laguna y el Gajo del Lunarejo.

Estos cursos de agua nacen en la Cuchilla Grande, accidente geográfico que en este caso cumple la doble función de divisoria de aguas y de límite de la unidad de conservación.