El Río de la Plata y el Uruguay constituyen las vías navegables más importantes del país, a pesar que el último es navegable sólo en parte de su curso por barcos de mediano calado. También el río Negro es navegable en su tramo inferior por naves pequeñas. La mayoría de los cursos de agua permiten la navegación deportiva en embarcaciones pequeñas.

Los principales puertos se encuentran sobre el río Uruguay, el Río de la Plata y el océano Atlántico: Fray Bentos, Nueva Palmira, Colonia del Sacramento, Montevideo. El puerto de Nueva Palmira reviste especial importancia como terminal de carga de la Hidrovía pues constituye la salida al mar para Paraguay, Bolivia y parte del suroeste de Brasil. Montevideo ha sido y es un puerto natural por excelencia desde sus orígenes.

La Administración Nacional de Puertos (ANP) es el organismo competente en el tema.