Como se ha explicado en párrafos anteriores la cuenca del Arroyo Lunarejo, está incluída en la zona de influencia paranense, en el llamado "frente de la cuesta basáltica" y presenta los siguientes tipos de vegetación.

La vegetación de quebradas descripta como selva subtropical empobrecida por sus características muy particulares es el atractivo principal de la unidad de conservación y ha sido presentada en el capítulo correspondiente a la región de influencia.

Es posible observar variaciones en la cobertura del monte, desde laderas totalmente cubiertas por árboles, manchones o bosquetes formados por grupos de árboles que abarcan extensiones variables desde 10 a 40 m. de diámetro hasta una situación en la que sólo sobreviven algunos árboles aislados de muchos años de edad, sin presencia de renuevos.

Estas variaciones probablemente se deben a las presiones ejercidas por las actividades agropecuarias que se desarrollan en la zona. Por otra parte este tipo de vegetación actúa como amortiguador de este efecto antrópico protegiendo al monte de las quebradas.

El efecto del manejo que se da a las sierras sobre este tipo de vegetación queda demostrado cuando aparecen situaciones netamente contrastantes a ambos lados de un alambrado, en las que en un caso aparecen especies arbóreas en gran abundancia y en el otro dichas especies prácticamente no existen o existen sólo ejemplares viejos.

La pradera es una formación vegetal en la que predomina el componente herbáceo, y en la que el suelo está en un alto porcentaje cubierto por vegetación.

La pradera natural, tal como se conoce actualmente, se caracteriza por una gran diversidad de especies (con amplio predominio de gramíneas) y de formas y ciclos vegetativos lo que explica los rápidos cambios en composición que se observan ante variaciones en las condiciones ambientales.

La variación de suelo que se da en el área de estudio, así como las condiciones impuestas por el pastoreo provocado por la ganadería son los principales factores determinantes de la diversificación mencionada.

Las praderas ocupan las zonas altas, laderas (no ocupada por vegetación leñosa) y claros en las zonas bajas.

Existen zonas de transición entre la pradera típica y el monte de quebradas, caracterizada por la mayor frecuencia de especies arbustivas. En algunos casos es frecuente encontrar vegetación de "Parque", con presencia de especies arbóreas en baja densidad.

La zona de estudio se desarrolla en dos áreas diferentes desde el punto de vista geológico, diferencias que se reflejan en la vegetación.

Por un lado, las praderas desarrolladas sobre basalto, con predominio de suelos superficiales, pedregosos y con poca capacidad de retención de agua. La vegetación en esta zona es de una pradera con arbustos, sujeta a quemas frecuentes, que junto con el pastoreo son los factores que determinan su aspecto actual.

El otro gran grupo es el de las praderas desarrolladas sobre areniscas, con mayor predominancia de suelo desnudo y de mayor diversidad que las de Basalto. Esta diversificación se evidencia por el mayor número de especies de Fabaceae, Euphorbiaceae, Asteraceae, Cyperaceae, Scrophulariaceae, Verbenaceae, Apiaceae. Otras familias que también aparecen en mayor proporción son Bromeliaceae, Cactaceae, Orchidaceae, Iridacea, Liliaceae, Amarilidaceae.

Dependiendo de factores de manejo (pastoreo, fuego) en este último tipo de praderas, pueden observarse distintas situaciones que van desde un tapiz herbáceo bajo pasando por un tapiz con mayor frecuencia de plantas leñosas de bajo porte, y llegando a tener un predominio de arbustos de alto porte.

Otras asociaciones en las que predominan especies arbustivas (caméfitas y microfanerófitas) son los chircales, matorrales, arbustales (psamófilos, hidrófilos, etc.). Las comunidades arbustivas son importantes en Uruguay. la especie más frecuente es la chirca (Eupatorium buniifolium) pero hay otras especies de este y de otros géneros como Baccharis que también son muy frecuentes.

En la zona de estudio se destaca particularmente la familia Asteraceae con especies de los géneros Eupatorium, Baccharis, Vernonia y Radlkoferotoma entre otros. Otras familias presentes son Fabaceae con especies de los géneros Mimosa, Caesalpinia, Senna, etc.; Euphorbiaceae fundamentalmente con el género Croton (en particular C. Cuchilla-nigrae característico de la zona).

Si bien la reducción o desarrollo de los chircales parece ligada al manejo ganadero, lo que es evidente cuando los chircales están netamente limitados por un alambrado de una pradera bien empastada, todo hace suponer que constituyen características de la vegetación primitiva.

Los pajonales son asociaciones de gramíneas perennes de maciega de alto porte, característicos de los campos bajos pero no inundados, en las proximidades de las cañadas y los bañados, donde forman comunidades densas, por lo común con dominancia casi absoluta de una sola especie con pocas plantas intersticiales o acompañantes.

En la zona se destacan las especies Andropogon lateralis (Canutillo), Erianthus angustifolius (Paja estrelladora) y Paspalum quadrifarium (Paja mansa).