La cuenca del Arroyo Lunarejo y su región de influencia están incluídas en la zona de influencia paranense descripta brevemente en el contexto nacional.

La vegetación predominante corresponde a praderas invernales y matorral arbustivo, restringiéndose la vegetación arbórea a las gargantas y laderas con fuertes pendientes.

Sin duda, el tipo de vegetación que más interés atrae en la región es la correspondiente a las quebradas, la cual debido a las características que presenta ha sido descripta como una selva subtropical empobrecida.

Las drásticas condiciones topográficas (laderas abruptas con altos porcentajes de pendientes llegando a tener paredones casi verticales) determinan una situación muy especial en cuanto a humedad y temperatura. A esto se suma la existencia de buenas condiciones edáficas que permiten el desarrollo de una vegetación exuberante y muy agresiva a la vez que se trata de un sistema sumamente frágil, ya que depende del mantenimiento de tales condiciones favorables para que pueda perpetuarse (tanto el componente vegetación como el suelo que tiene un alto riesgo de erosión si se le elimina la cubierta vegetal). Tal es así que la vegetación arbórea no es capaz de trepar las laderas de la quebrada quedando claramente definido el límite entre la pradera y el bosque, el que muchas veces puede pasar inadvertido en una apreciación rápida del paisaje.

Existe una variación muy grande en cuanto al número de especies y a la forma vegetativa de las mismas, encontrándose desde árboles de gran tamaño, árboles de menor porte adaptados a condiciones de sombra, enredaderas y trepadoras, epífitas, y un tapiz herbáceo en el que se destacan los helechos.

Pueden encontrarse importantes variaciones en la composición florística en las distintas posiciones de la ladera. En un estudio realizado en las nacientes del Aº Lunarejo Brussa et al. (1993), encontraron diferencias entre lo que denominaron Estrato Cumbre (porción superior y media de la ladera) y el Estrato Cauce (porción media y baja de la ladera y el cauce del arroyo). Tomando en cuenta la Abundancia, uno solo de los parámetros medidos, se encontró que en el estrato Cumbre predominan especies como la Aruera (Lithraea molleoides Engl.), Arrayán (Blepharocalyx tweediei Berg.), Cedrón del monte (Aloysia gratissima (Gillies & Hook.) Tronc.), Carobá (Schinus lentiscifolius March.), Canelón (Rapanea ferruginea Mez.), etc. Por otro lado, en el estrato Cauce son más abundantes el Camboatá (Cupania vernalis Cambess.), Blanquillo (Sebastiania klotzschiana Muell. Arg.), Chal-chal (Allophyllus edulis Radlk. ex Warm), Laurel (Nectandra megapotamica Mez.) estos últimos de gran porte y ocupantes del estrato superior, etc. Son de destacar además especies como Luehea divaricata Mart., Ocotea acutifolia Mez., Ocotea puberula Mez. que si bien no aparecen en este lugar como especies muy abundantes tienen gran importancia.

Un aspecto importante a mencionar es que cada "quebrada" presenta sus particularidades topográficas, edáficas, de orientación de sus laderas, y tal vez, otras que aún no han sido determinadas, que se reflejan en diferencias en la vegetación que las cubre. Generalmente esas diferencias se expresan en parámetros cuantitativos (abundancia, frecuencia, dominancia) y no tanto en la presencia/ausencia de las especies.

Un capítulo aparte lo merece la vegetación de herbáceas y epífitas que crecen en estos montes, ya que la misma es muy importante en cuanto al número de especies. Dentro del tapiz herbáceo se destacan las familias Poaceae, Orchidaceae, Asteraceae, Solanaceae, Euphorbiaceae, así como las familias de helechos (Polypodiaceae, Adianthaceae, Thelypteridaceae, Pteridaceae, Dorypteridaceae, Drypteridaceae, Blechnaceae, entre otras).

En cuanto a las epífitas se destaca la familia Bromeliaceae, existiendo también muchas especies de helechos epífitos.

Entre las trepadoras y apoyantes predominan las familias Bignoniaceae, Fabaceae, Euphorbiaceae, Vitaceae, Ulmaceae, etc.

En estas zonas se han realizado, en los últimos años varias nuevas citas de especies para nuestro país, al tiempo que se ha constatado que muchas de las especies que allí crecen no lo hacen en otras partes del país, o lo hacen en forma muy escasa. Tal vez el caso más conocido sea el de los Helechos de tronco, para los cuales hasta hace muy poco tiempo solo existían reportes en la Gruta de los Helechos (Tacuarembó).