La cuchilla de Haedo, como se indica en el capítulo correspondiente a la región de influencia cumple la función de corredor para el ingreso de especies de origen subtropical hacia el territorio uruguayo.

Dentro de la unidad de estudio se destaca la presencia de dos especies raras de anfibios para el país (Achaval, 1997): la Ranita Uruguaya (Hyla uruguaya) y el Sapito de Devincenzi (Melanophryniscus devincenzii). Este último consta de muy pocos registros a nivel nacional.

En cuanto a los reptiles, la Víbora de Cascabel (Crotalus durissus terrificus) es de suma importancia debido a que esta especie sufrió un retroceso en el país, extinguiéndose en el sur. Hasta el momento únicamente está confirmada la permanencia en esta región del Uruguay.

Por otro lado, es importante resaltar la presencia de especies poco comunes en el país, como la Culebra de Pintas (Echinanthera occipitalis) y la Culebra Parda Listada (Pseudablabes agassizii), así como del Camaleón de Cola Espinosa (Tropidurus torquatus) y la Lagartija Manchada (Stenocercus azureus).

En el Valle del Lunarejo en particular, ubicado en la parte norte del sistema de Haedo, se han registrado al menos 153 especies de aves. Sobre la ornitofauna del lugar deben destacarse dos aspectos comunes a toda el área de influencia: a) en la zona ocurren especies únicamente conocidas para este lugar y b) diversas especies presentan abundancias locales superiores a las observadas en otras partes del Uruguay. En la primera categoría se incluyen especies como el Tachurí Coludo (Culicivora caudacuta, Tyrannidae), la Cigarra (Haplospiza unicolor, Emberizidae) y el Corbatita Boina Negra (Sporophila bouvreuil, Emberizidae).

En cuanto a las especies escasas a nivel nacional pero frecuentes en el área, cabe mencionar a la Bandurria Amarilla (Threristicus caudatus, Threskiornithidae), el Gavilán Pardo (Accipiter bicolor, Accipitridae), el Chimachima (Milvago chimachima, Falconidae), la Seriema (Cariama cristata, Cariamidae), el Maracaná (Aratinga leucophthalmus, Psittacidae) y la Viudita Colorada (Hirundinea ferruginea, Tyrannidae). En el área existen sitios de nidificación de al menos algunas de estas especies escasas como la Bandurria Amarilla y la Viudita Colorada.

Debe destacarse que, teniendo en cuenta la relativamente limitada diversidad de hábitats representados, el Valle del Lunarejo presenta una riqueza específica muy importante en el contexto nacional. Sin embargo, como se destacó anteriormente, el principal atributo del área está relacionado con numerosas singularidades avifaunísticas en lo referente a su ocurrencia y abundancias relativas locales. En tal sentido, se diferencia de otras regiones del país, no existiendo actualmente ninguna de similares características ornitológicas amparada por el sistema nacional de áreas protegidas.

El área objeto de estudio posee un gran valor intrínseco por ser el hábitat que brinda alimento y refugio a especies de sumo interés. En cuanto a los mamíferos registrados en la zona se destacan:

• Especies raras o poco frecuentes: Oso Hormiguero Chico (Tamandua tetradactyla) y Tatú Rabo Molle (Cabassous tatouay).
• Especies que se encuentran en el extremo sur de su distribución como el Oso Hormiguero Chico (Tamandua tetradactyla), Coatí (Nasua nasua solitaria) y el Coendú (Sphiggurus spinosus spinosus).
• Se destacan los abundantes registros de Guazú-birá (Mazama gouazoupira gouazoupira) una de las especies de cérvidos autóctonos que aún se conserva en territorio uruguayo.
• Registro de Vampiro (Desmodus rotundus rotundus), especie que puede transmitir la rabia bovina. Las colonias que habitan en este territorio no ocasionan ese problema, por lo que es necesario conservarlas y así evitar que otras provenientes de países vecinos ocupen su lugar.

En Anexo 3 se presenta lista de fauna.