La región de influencia se destaca por una gran representación de especies de anfibios y reptiles. Se han registrado 22 especies de anfibios (representan más de la mitad de las especies del país) y 38 especies de reptiles (aproximadamente un 60% del total nacional) pertenecientes a los Ordenes Chelonia, Squamata y Crocodylia.

Entre los anfibios se destacan: Sapito de Devincenzi (Melanophryniscus devincenzii), Ranita de Hensel (Physalaemus henselii), Ranita Uruguaya (Hyla uruguaya) y Rana Monito (Phyllomedusa iheringii).

Entre los reptiles, se encuentran especies poco frecuentes como: Tortuga de la Herradura (Phrynops williamsi), Lagartija de los Arboles (Anisolepis undulatus), Camaleón de Cola Espinosa (Tropidurus torquatus), Lagartija Manchada (Stenocercus azureus), Lagartija Brillante (Mabuya dorsivittata), Culebra de Pintas (Echinanthera occipitalis), Culebra Verde Listada (Pseudablabes agassizii) y Culebra Roja de Cabeza Negra (Tantilla melanocephala melanocephala).

La Cuchilla de Haedo cuenta con una ornitofauna que supera las 200 especies. La misma presenta características propias que la diferencian de elencos avifaunísticos de otras áreas del país. Funciona como un corredor eficaz en lo que respecta al ingreso hacia el Uruguay de especies de origen subtropical como por ejemplo el Tamborcito Grande (Otus atricapillus, Strigidae), la Lechucita Canela (Aegolius harrisi, Strigidae), el Surucuá (Trogon surrucura, Trogonidae), Tangaráes (Euphonia spp.), etc. Entre las especies con problemas de conservación se encuentran el Carpintero Enano (Picumnus nebulosus, Picidae), el Tachurí Coludo (Culicivora caudacuta, Tyrannidae) y el Tachurí Canela (Polystictus pectoralis, Tyrannidae). La ocurrencia de la Loica (Sturnella defilippi, Icteridae), una especie extremadamente rara (incluída en la categoría En Peligro) es factible.

Se han registrado para la región, un total de 31 especies de mamíferos, comprendidas en 17 Familias y agrupadas en 7 Ordenes dentro de la Clase Mammalia. Estas 31 especies representan aproximadamente el 40% del total de mamíferos terrestres para el Uruguay.

Es importante el registro de especies con problemas de conservación tales como el Tatú Rabo Molle (Cabassous tatouay) y el Oso Hormiguero Chico (Tamandua tetradactyla), especies raras y en peligro de extinción para el país. Además se ha registrado el 50% de las especies de Quirópteros descriptas para el Uruguay.